Diretor: Rintarô

Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.

1999... É o ano predestinado e Kamui Shiro, um adolescente de 15 anos com fortes poderes psíquicos, retornou a Tóquio. Depois de 6 anos de ausência, ele espera reencontrar seus amigos de infância, ...

No futuro, pode-se alcançar a imortalidade obtendo um corpo mecanizado. Órfão, o jovem Tetsuro pega uma carona no trem espacial Galaxy Express 999 na esperança de obter um corpo ciborgue para vinga...